Ambas naciones formalizaron sus vínculos en 1959. En los años siguientes la Orden de Malta desarrolló numerosos proyectos humanitarias en la isla y, hasta la actualidad, sus relaciones diplomáticas siempre han transcurrido de manera práctica y efectiva.
La Orden de Malta mantiene sus programas de cooperación, mientras que la asociación cubana contribuye con un programa de asistencia social, principalmente en colaboración con la Iglesia Católica de la Isla y con atención especial a programas en beneficio de los ancianos de Cuba.
